השומרונים

בימיו של הרב חיים אברהם גאגין היו השומרונים בסכנת כליה, לאחר שאברהים פחה המצרי קיבל את השליטה על סוריה וארץ ישראל בשנת תקצ"א (1831). על התקופה הקשה לשומרונים כותב ד"ר אליעזר הלוי, מזכירו של משה מונטיפיורי, שביקר בשכם בשנת תקצ"א (1831):‏ "נחשבו לו השומרונים לעובדי אלילים, אשר לא אבה לתת להם ניר בארצו. ותהי להם עת צרה אשר כמוה לא נהייתה, כי ידעו כי נכון המַוֳת מידו." לאחר גירוש הכוחות המצריים של מוחמד עלי מארץ ישראל, בשנת 1840 (ת"ר), מספרת אליזבט רוג'רס - אשת הקונסול הבריטי, כי תושבי שכם רדפו את השומרונים באכזריות מפני שלא רצו לקבל עליהם את דת האסלאם.

חכמי הדת המוסלמים טענו שלשומרונים אין דת, והם לא מאמינים בספרים הכתובים ברוח הקודש: תורת משה, הברית החדשה, ספר תהילים, הנביאים והקוראן. המוסלמים טענו שרק לכת המאמינה לפחות באחד מהספרים הללו יש להתייחס בסובלנות. לעומתם, השומרונים טענו כי הם מאמינים בחמישה חומשי תורת משה. המוסלמים, שלא ידעו את לשון הקודש או את כתב היד השומרוני, לא קיבלו את דבריהם. שומרוני העיר שכם חיו בסכנת מוות דומה לזו שקרתה לבני עדתם בדמשק במאה ה-17, שם הנותרים המירו דתם ורק בודדים נמלטו. איום זה היווה סכנת כיליון של העדה השומרונית.

השומרונים פנו בבקשה לעזרה אל הרב חיים אברהם גאגין והוא עזר להם בכך שנתן להם תעודה בכתב המאשרת: העם השומרוני הוא ענף מבני ישראל המודה באמיתות התורה. וכך ניצלו השומרונים מסכנת מוות.